Rừng ngập mặn Cần Giờ có điều kiện môi trường rất đặc biệt, là hệ sinh thái trung gian giữa hệ sinh thái thủy vực với hệ sinh thái trên cạn, hệ sinh thái nước ngọt và hệ sinh thái nước mặn. Rừng Cần Giờ nhận một lượng lớn phù sa từ sông Đồng Nai, cùng với ảnh hưởng của biển kế cận và các đợt thủy triều mà hệ thực vật nơi đây rất phong phú với trên 150 loài thực vật, trở thành nguồn cung cấp thức ăn và nơi trú ngụ cho rất nhiều loài thủy sinh, cá và các động vật có xương sống khác.[5]

• Về thực vật: nhiều loại cây, chủ yếu là bần trắng, mấm trắng, các quần hợp đước đôi - bần trắng cùng xu ổi, trang, đưng v.v… và các loại nước lợ như bần chua, ô rô, dừa lá, ráng, v.v… Thảm cỏ biển với các loài ưu thế Halophyla sp., Halodule sp., và Thalassia sp.; đất canh tác nông nghiệp với lúa, khoai mỡ, các loại đậu, dừa, các loại cây ăn quả. Khảo sát của Phạm Văn Ngọt và cộng sự (2007) ghi nhận rừng ngập mặn Cần Giờ có 220 loài thực vật bậc cao với 155 chi, thuộc 60 họ; trong đó, các họ có nhiều loài nhất gồm: họ Cúc (Asteraceae) 8 loài, họ thầu dầu (Euphorbiaceae) 9 loài, họ Đước (Rhizophoraceae) 13 loài, họ Cói (Cyperaceae) 20 loài, họ Hòa thảo (Poaceae) 20 loài, họ Đậu (Fabaceae) 29 loài.[6]

• Về động vật: khu hệ động vật thủy sinh không xương sống với trên 700 loài, khu hệ cá trên 130 loài, khu hệ động vật có xương sống có 9 loài lưỡng thê, 31 loài bò sát, 4 loài có vú. Trong đó có 11 loài bò sát có tên trong sách đỏ Việt Nam như: tắc kè (gekko gekko), kỳ đà nước (varanus salvator), trăn đất (python molurus), trăn gấm (python reticulatus), rắn cạp nong (bungarus fasciatus), rắn hổ mang (naja naja), rắn hổ chúa (ophiophagus hannah), vích (chelonia mydas), cá sấu hoa cà (crocodylus porosus)… Khu hệ chim có khoảng 130 loài thuộc 47 họ, 17 bộ. Trong đó có 51 loài chim nước và 79 loài không phải chim nước sống trong nhiều sinh cảnh khác nhau.[7],[8]

Đây là một khu rừng mà theo đánh giá của các chuyên gia nước ngoài là được khôi phục, chăm sóc, bảo vệ thuộc loại tốt nhất ở Việt Nam và toàn thế giới. Đây cũng là địa điểm lý tưởng phục vụ cho việc nghiên cứu khoa học, du lịch sinh thái.

Rừng ngập mặn Cần Giờ đã trở thành "lá phổi" đồng thời là "quả thận" có chức năng làm sạch không khí và nước thải từ các thành phố công nghiệp trong thượng nguồn sông Ðồng Nai - Sài Gòn đổ ra biển Ðông.